有毒藻类的爆发——受污染的农田径流流入湖泊和河流，引发微生物黏稠、难闻的繁殖——会导致恶心、呕吐，以及通过娱乐接触或饮用水源接触的人会受到更严重、更长期的健康影响，如肝脏衰竭和癌症。
但在有毒藻类滋生的水体中，也可能有大肠杆菌或其他粪便大肠菌群细菌的污染。
粪便大肠杆菌正常生活在健康的人和动物的消化系统中，不会造成伤害或疾病。即使在水中，大多数粪便大肠菌群也不会对健康构成威胁。
但是一些大肠杆菌的菌株会导致腹泻，呕吐甚至死亡，如去年年底爆发可追溯到加州萨利纳斯山谷种植的莴苣。而这些细菌往往来自导致藻类爆发的源头——牲畜粪便。
休闲用水中粪便大肠菌群的存在表明，通常在粪便中发现的其他可怕的病原体也可能潜伏在那里，比如导致严重腹泻的隐孢子虫和鞭毛虫。
藻类的爆发，最常见的是在夏天，是由氮和磷从农田流失的肥料和粪肥引发的。在一些地区，化粪池和废水是地表水粪便大肠菌群的来源。但在农村，通常主要来源这类细菌的主要来源是利用牲畜饲养场的粪便——被称为动物饲养操作，或AFOs——作为作物肥料。
AFOS可以持有数千只鸡，猪和牛小限制设置。这些饲养操作每年产生数百万吨粪便——每年5000万吨明尼苏达州一个人。
大量的这种肥料被用作附近农田的肥料。雨水或灌溉过后，农田里的肥料流到休闲用水里。粪便中的营养物质和粪便大肠菌群会引发藻类大量繁殖和危险的细菌污染。
爱荷华州因为这两种污染物，许多州的海滩经常关闭。在夏天爱荷华州自然资源部每周测试39个国家公园海滩的水，用于微囊藻和大肠杆菌。如果测试发现微囊杆菌，或者μg/ L或30天内的五个样品超过每100毫升/ 100毫升，则会发出对微囊虫的咨询。
该机构在许多州立公园湖中发现了微囊藻和大肠杆菌污染。例如，在2019年8月，它为富兰克林县的Beeds湖颁发了一个游泳咨询，用于微囊藻和大肠杆菌，因为两者都高于国家的指导方针。
比兹湖已经发布了大肠杆菌预警很多年回到2011年。到目前为止今年从6月13日开始，该湖就已经接到了大肠杆菌的警告。在这个湖里产生微囊藻毒素和大肠杆菌的最有可能的原因是已经发现的37种动物饲养操作方圆五英里内。富兰克林县的猪是人口的40倍。
爱荷华州贝丝湖5英里内的动物饲养行动
资料来源:EWG，来自爱荷华州自然资源数据部
有类似的例子州全国各地。由于动物饲养操作是导致这些海滩关闭的营养物质和细菌的主要来源，地方、州和联邦当局必须采取更多措施来控制afo的粪便径流。
整个夏天，EWG将追踪全国各地海滩关闭处的藻类爆发和粪便大肠菌群。要了解更多关于AFOs对公共卫生的影响，请参阅EWG工厂化农场页面。
